Teatr istnieje od 1953 roku, kiedy to grupa lalkarzy amatorów pod kierownictwem Piotra Sawickiego uzyskała subwencję państwową.

Od tego czasu BTL – jako scena zawodowa i instytucjonalna – działa nieprzerwanie, przygotowując w każdym sezonie teatralnym kilka nowych premier, wykorzystując rozmaite techniki lalkowe (kukła, pacynka, jawajka, marionetka, formy plastyczne i niekonwencjonalne), formy teatru wizualnego, teatru przedmiotu, teatru maski i teatru aktorskiego.

Teatrem kierowali kolejno znakomici artyści polskiego teatru lalek: Piotr Sawicki, Joanna Piekarska, Krzysztof Rau, Wojciech Kobrzyński i Wojciech Szelachowski. Od września 2005 dyrektorem TBL jest Marek Waszkiel, historyk teatru lalek i krytyk teatralny.

Z teatrem współpracowali znakomici polscy artyści, których spektakle zrealizowane w Białymstoku wywarły wpływ na całe polskie lalkarstwo. Jan Wilkowski i Adam Kilian zrealizowali tu słynne przedstawienia: „Dekameron 8.5” i „Zielona gęś”. Wybitny współczesny twórca polskiego teatru Piotr Tomaszuk związany jest z BTL-em od swojego debiutu w latach 80., wystawiając tu kilka niezapomnianych spektakli, m.in. „Polowanie na lisa” Sławomira Mrożka czy „Turlajgroszek”, a ostatnio „Lisa” młodej polskiej autorki sztuk lalkowych Marty Guśniowskiej. Z teatrem związani byli również znani polscy twórcy, m.in. uznwany za najwybitniejszego dziś dramatopisarza Tadeusz Słobodzianek.

BTL należy do najstarszych polskich teatrów lalek, które powołały do życia lalkową scenę dla dorosłych. Od 1972 regularnie wystawia sztuki z wielkiego repertuaru literatury światowej: Boccaccia, Calderona, Rostanda, Gogola, Bernharda, Różewicza, Szukszyna, Mrożka czy Gałczyńskiego.

Jest też pierwszym polskim teatrem lalek, dla którego miasto wybudowało w 1979 roku specjalnie zaprojektowany budynek, dziś mieszczący trzy sceny: dużą (200 miejsc), małą (100 miejsc) i salę prób (40 miejsc). Na przestrzeni ostatnich 30 lat BTL był organizatorem wielu festiwali lalkowych, krajowych i międzynarodowych, zwłaszcza festiwalu solistów lalkarzy i ogólnopolskich spotkań teatrów lalek.

Teatr powołał w 1974 studio aktorskie, które w rok później przekształciło się w zamiejscowy Wydział Sztuki Lalkarskiej warszawskiej Akademii Teatralnej. Niemal wszyscy aktorzy Teatru są absolwentami tej uczelni, stanowią też podstawę kadry dydaktycznej kształcącej młodych lalkarzy w Akademii Teatralnej w Białymstoku.

Dziś BTL prowadzi działalność wyspecjalizowaną w nurtach:

Przedstawienia dla dzieci – sceniczne adaptacje znanych baśni i popularnej literatury dziecięcej, zwłaszcza utwory współczesne, pisane z myślą o teatrze lalek, realizowane w różnych konwencjach teatralnych i lalkowych.
Przedstawienia dla dorosłych – stała działalność lalkowa będąca ewenementem na szeroką skalę; większość spektakli powstaje we współpracy z lalkarzami innych krajów. W ostatnich latach byli to m.in. Marian Pecko (Słowacja), Duda Paiva (Holandia), Alain Lecucq (Francja), Andras Veres (Węgry), Julija Skuratova (Litwa), Frank Soehnle (Niemcy) czy Christoph Bochdansky (Austria).
Przedstawienia poszukujące i eksperymentatorskie – projekty realizowane na scenie studyjnej, we współpracy z najmłodszym pokoleniem lalkarzy z kręgu Akademii Teatralnej w Białymstoku.

Białostocki Teatr Lalek otwarty jest na współpracę międzynarodową, staże teatralne dla młodych artystów, projekty studyjne i spotkania warsztatowe. Każdego roku BTL uczestniczy w kilkunastu festiwalach w Polsce i na świecie.

Teatr prowadzi ponadto szeroką działalność edukacyjną, obejmującą warsztaty plastyczne dla dzieci, lekcje teatralne dla uczniów szkół podstawowych, publiczne otwarte czytania sztuk lalkowych dla dzieci, a także działalność wydawniczą (co roku wydaje zbiory sztuk dla teatru lalek) i wystawienniczą (przy teatrze działa Galeria BTL, w której co miesiąc odbywają się wernisaże wystaw plastycznych artystów związanych z działalnością teatralną).

W jego budynku czynna jest również Piwnica Lalek, w której prezentowane są lalki, maski, kostiumy, elementy scenografii z kilkudziesięcioletniej działalności BTL. Piwnica jest rodzajem labiryntu, w którym można się zagubić pośród magii teatru lalek.